Okulumuz 1989-1990 Eğitim-Öğretim yılında Fen Lisesi olarak hizmete açılmıştır. 11 Eylül 1989 yılında Milli Eğitim Bakanlığınca Fen Lisesi’nin ismi Trabzon Fen Lisesi olarak tescil edilmiştir.
Trabzon’ da eğitim ve öğretime açılması planlanan Trabzon Fen Lisesi, Trabzon belediye sınırları içerisinde kendisine tahsis edilecek bina bulunamadığından; Yomra ilçesinde, Yomra Lisesi için yaptırılmış olan okul binasına, Trabzon Milli Eğitim Müdürlüğünce yerleştirilmiştir.
1989-1990 2. Eğitim-Öğretim yılında açılan lisemize 96 öğrenci kaydını yaptırmış ve 4 şube oluşturulmuştur. 1990-1991 Eğitim-Öğretim yılında öğrenci pansiyonunun hizmete açılmasıyla öğrencilerimizin barınma ve sosyal ihtiyaçları büyük ölçüde karşılanmıştır. 2001-2002 Eğitim-Öğretim yılının II. döneminde ilave hizmet ve pansiyon binası hizmet vermeye başlamıştır. Yeni pansiyon binamızın hizmete girmesiyle öğrencilerimiz 4 kişilik odalarda barınma imkanı bulmuştur.
Trabzon’da eğitim ve öğretime açılması planlanan Trabzon Fen Lisesi, Trabzon Belediye sınırları içerisinde kendisine tahsis edilecek bina bulunamadığından Yomra ilçesinde, Yomra Lisesi için Milli Eğitim Bakanlığı’nca yaptırılan ve inşaatı bitmiş olan lise binası, Trabzon Valiliği Milli Eğitim Müdürlüğü’nce Trabzon Fen Lisesi’ne tahsis edilmiştir.
1989-1990 eğitim-öğretim yılında açılan lisemize 96 öğrenci kaydını yaptırmış ve 4 (dört) sınıf teşekkül ettirilmiştir. Öğrencilerimizin barınma ve diğer sosyal ihtiyaçları, okul bünyesinde yapılan tadilatla karşılanmaya çalışılmış, 1990-1991 eğitim-öğretim yılında öğrenci pansiyonun da hizmete açılmasıyla öğrencilerimizin bu ihtiyaçları büyük ölçüde giderilmiştir. 1998 yılında ilave hizmet ve pansiyon binasının yapımına başlanmış ve bu bina da 2001-2002 eğitim- öğretim yılının ikinci döneminde hizmet vermeye başlamıştır.
Lisemizin Yomra ilçesinde olması nedeniyle, İl Milli Eğitim Danışma Kurulu kararıyla, Trabzon Valiliği’nin 10.05.1990 gün ve Milli Eğitim Müdürlüğü 311.Kül.Şb.912 (61) 1916 sayılı yazılarıyla Trabzon Fen Lisesi’nin isminin Trabzon Yomra Fen Lisesi olarak değiştirilmesi teklifi, Milli Eğitim Bakanlığı Orta Öğretim Genel Müdürlüğü’nün 15.06.1990 gün ve 230-EÖİİŞ-FEN-90 sayılı olurlarıyla uygun görülerek lisemizin adı TRABZON YOMRA FEN LİSESİ olarak değiştirilmiştir. Necmettin Ali BULUTOĞLU Affan Kitapçıoğlu Lisesi Baş Müdür Yardımcı iken, okulumuzun kurucu müdürü olmuştur. Başarı ile sürdürdüğü bu görevden 2002-2003 Eğitim-Öğretim yılında emekliye ayrılmıştır. M.Zeki DİKMEN, 2003-2005 yılları arasında bu görevi vekaleten yürütmüş, daha sonra bu göreve Muhsin ÇAVUŞOĞLU atanmıştır. Mayıs 2009 tarihinde okul müdürlüğüne Zekeriya ABANOZOĞLU atanmış, Şubat 2010 yılında da Mehmet Zeki DİKMEN atanmıştır.
